John Waters föddes den 29 april 1946 i Baltimore, USA. Han är självlärd och som ung så besökte han ofta närbelägna biografer som visade vuxenfilm, varpå han började göra kortfilmer i 8 mm-format med exploaterande teman (Hag in a black leather jacket, Eat your makeup). Under denna tid grundade han en skådespelargrupp som kom att inkludera Mink Stole och Waters skolkamrat Harris Glenn Milstead (Divine). Hans första längre filmer Mondo Trasho och Multiple Maniacs introducerade den skruvade och många gånger upprörande satir som har kommit att genomsyra många av hans filmer.

Hans tredje film, Pink Flamingos, visades nationellt. En film som bl. a. diskuterades vida p.g.a. en scen där Divine äter hundbajs. I filmerna som följde,Female Trouble, Desperate Living och Polyester försökte han att undvika alltför grova smaklösheter i sin ambition att porträttera medelklassens värderingar. Med Polyester försökte han dessutom återinföra det gamla pr-tricket som förekom på amerikanska biografer under framförallt 50-talet som gick ut på att göra biobesöket till en större upplevelse genom diverse aktiviteter i biosalongen, och i många fall dra uppmärksamheten ifrån de dåliga filmerna. I Polyester var det ett s.k. Odorama, ett doftkort, som man skulle skrapa och lukta på under filmens gång.

Med den musikaliska komedin Hairspray försökte han locka en bredare publik, han försökte nå samma resultat med filmen Cry-Baby men misslyckades.

Fastän han inte nått samma framgång, publikmässigt, som en annan Baltimore-regissör, Barry Levinson, så är han mycket omtyckt i sin hemstad. Han bor i Baltimore och har fått en dag uppkallad efter sig, John Waters Day, vilken infaller den 7 februari.