"Svarta nejlikan" är ett drama inspelat på plats i Chile baserat på den svenske ambassadören Harald Edelstams liv och hans kamp för att hjälpa flyktingar i Chile under militärkuppen 1973.

1972 tillträder Harald Edelstam sin post som Sveriges ambassadör i Chile. Han tar öppet ställning för den folkvalde socialistiske presidenten Salvador Allende och engagerar sig i flera av landets sociala projekt. Men en dag förändras allt. Militären, under ledning av Augusto Pinochet, störtar Allende och inleder en blodig klappjakt på sina politiska motståndare. Hundratals aktivister förs till Nationalstadion i Santiago, där de torteras och avrättas.

Med risk för sitt eget liv utnyttjar Edelstam sina diplomatiska befogenheter till bristningsgränsen och utfärdar politisk asyl till hotade aktivister. Men den kontroversielle diplomaten spelar ett högt spel. Mitt i kaoset inleder Edelstam också en kärleksrelation med den unga aktivisten Consuelo.