Klockan är 3 på morgonen, det snöar på Manhattan och inne i en av skyskraporna brinner fortfarande flitens lampa inne på en framgångsrik och välrenommerad advokatbyrå. Här råder febril aktivitet. I en fängelsecell i Milwaukee berättar den framstående advokaten Arthur Edens (Tom Wilkinson) exakt vad det var som fick honom att ta av sig alla kläder under pågående domstolsförhandling och förklara sin kärlek till en 19-årig flicka som är närvarande i rätten. På en liten landsväg kör Michael Clayton (George Clooney) in sin bil till vägkanten för att stanna och ta lite frisk luft. När han går iväg från bilen exploderar den plötsligt. Vad är det som förbinder dessa tre situationer? Michael Clayton.

Michael Clayton tillhör byrån Kenner, Bach and Leeden, men han är inte advokat. Det är han som hanterar skumraskaffärerna, det som man till varje pris vill dölja. Det är till Clayton man ringer om man varit inblandad i en smitningsolycka och inte vill att det ska komma ut, det är honom VD:n kontaktar då hans hustru råkat i slagsmål med sin senaste unge älskare. Nu har Clayton kallats in för att bringa ordning i den röra Arthur Eden ställt till med, men redan i ett tidigt skede märker han att det ligger mycket mer bakom mannens beteende än överansträngning och utbrändhet. Något mörkt och ondskefullt lurar i hjärtat av den här fina världen, och för första gången någonsin bestämmer sig Michael Clayton för att gräva djupare i härvan istället för att försöka dölja den.