Filmen Luther berättar om en händelserik, färgstark och revolutionär tid mitt i brytningen mellan medeltid och renässans. I händelsernas centrum står den tyske munken och prästen Martin Luther (1483-1546). Med sin tro och sin kraftfulla övertygelse kom han att sätta oförglömliga spår i historien. Martin Luther är en man full av visioner. När han en stormig dag skonas från ett blixtnedslag tar han det som ett Guds tecken och avbryter juridikstudierna för att bli munk i Augustinerordern. Livet i klostret är fyllt av kamp och sökande. Luthers starka gudstro och hans intensiva bibelläsning får honom att tvivla på de religiösa föreställningar som råder. Det börjar gnissla rejält mellan honom och det ledande skiktet inom katolska kyrkan när han 1517 spikar upp sina 95 teser, riktade mot handeln med avlatsbrev, på dörren till slottskyrkan i Wittenburg. Han vänder sig mot hanteringen av reliker, som kyrkans män tjänar grova pengar på, och författarskrifter som kritiserar kyrkans lära och maktmissbruk.