Året är 1792 i Spanien. Mitt i franska revolutionens kaos blir den berömde konstnären Francisco Goya indragen i den spanska inkvisitionen när hans vackra unga musa Inés anklagas för kätteri och ställs inför rätta. Goya måste be sin gamle vän Lorenzo att skona hennes liv. Lorenzo är en maktlysten munk som går i täten för inkvisitionens återinförande.

Inés fängslas, torteras och lämnas att förgås i fängelsehålorna, och Lorenzo bannlyses till slut av den spanska kyrkan. Tjugo år går och Goya är på höjden av sitt skapande, men han har blivit döv och smått galen. De tre möts igen när fransmännen avskaffar inkvisitionen och alla fångar friges. Lorenzo blir Napoleons chefsåklagare mot hans tidigare bundsförvanter i Spanien.