När Beethovens brist på fint sätt blir för mycket för familjen Newton, anmäler ungarna i hemlighet honom till en lydnadsskola. En variation i bästa Beethovenstil på historien om Prinsen och tiggaren brakar loss när hunden under en promenad i parken sliter sig och blir förväxlad med Michelangelo, en perfekt tränad hund som är på pricken lik Beethoven. Beethoven själv hamnar hos den rika och snobbiga familjen Sedgwicks hem.