När den lilla trasdockan 9 kommer till liv, vaknar han upp i en post-apokalyptisk värld. Han lyckas hitta sina gelikar, som gömmer sig från fruktansvärda maskiner som hotar dem. 9 övertalar till slut de övriga om att de för att överleva måste ta reda på varför maskinerna vill förgöra dem, istället för att fortsätta att leva undangömda och i rädsla.